Rutger Jeuken is in 2001 zijn loopbaan gestart bij het OM als officier van justitie bij het arrondissementsparket Middelburg, waarna hij in 2004 plaatsvervangend advocaat-generaal werd bij het ressortsparket Den Haag. Sinds 2006 heeft hij verschillende functies vervuld, zowel als (recherche)officier van justitie als in leidinggevende functies, bij de parketten Middelburg, Breda en het Functioneel Parket. Vanaf 2017 was hij plaatsvervangend hoofdofficier bij arrondissementsparket Midden-Nederland, waarna hij in 2019 hoofdofficier van datzelfde parket werd.
Rutger Jeuken volgt Hugo Hillenaar op die onlangs voorzitter is geworden van de Commissie van Toezicht op de Inlichtingen- en Veiligheidsdiensten (CTIVD).